Cerneala din India, rosul Congo și Eosin pot fi folosite ca coloranți alternativi în locul Nigrosinului pentru colorarea negativă. Cerneala din India funcționează bine, dar particulele sale mici cauzează mișcarea Browniană, ceea ce face identificarea bacteriilor bit dificil.
Petele negative nu pată celulele bacteriene, care sunt încărcate negativ, dar fundalul în jurul celulelor. Sub microscop, celulele apar ca contururi incolore pe fundalul întunecat. Această metodă de colorare este utilizată pentru a studia exemplare care nu trebuie fixate cu alcool sau căldură, astfel încât vizualizarea unei celule vii este posibilă.
Unele bacterii au structuri extra-celulare numite capsule, care sunt ușor distruse prin spălare și încălzire. Pentru a identifica dacă bacteriile de probă au capsule, este folosită o tehnică ușoară care utilizează pată negativă.
