Bacteriile probiotice sunt benefice deoarece protejează organismul prin menținerea sub control a agenților patogeni nocivi, cum ar fi candida. Stimulează, de asemenea, sistemul imunitar pentru al menține gata să lupte împotriva organismelor dăunătoare și să se vindece intestinale.
Corpul uman conține aproximativ 7 kilograme de bacterii benefice, mai ales în intestine. Pe lângă bacteriile digestive cum ar fi Acidophilus, alte bacterii au o serie de funcții în organism. Cianocobalamina ajută la producerea de vitamina B12. Streptococcus mutans se găsesc în gură și ajută la transformarea zahărului în acid lactic.
Alte tipuri de bacterii benefice cum ar fi Bacillus subtilis sunt prezente în sol pentru a ajuta la creșterea și sănătatea plantelor. Bacillus thuringiensis este o bacterie folosită ca pesticid natural pentru țânțari și omizi.