Aspectele negative ale clonării includ complicații de dezvoltare, gene anormale și rate scăzute de succes. Există, de asemenea, posibilitatea ca o clonă umană să nu fie în măsură să se integreze pe deplin în rolurile familiale și ale societății.
Clonarea este în mare parte nereușită, deoarece procesul de transfer nuclear al celulelor somatice este problematic. Rata generală de succes pentru un transfer de nucleu este de 0,01-3%. Există, de asemenea, o rată ridicată de eșec pentru sarcini care provin din clonare. Un alt factor de risc este ca oul și nucleul să nu se formeze în mod coerent pentru a finaliza procesul de clonare.
Animalele care sunt clonate tind să fie mai mari decât omologii lor neclonați. Acesta este cunoscut sub numele de Sindromul Offspring Large, iar animalele care suferă de acesta sunt predispuse la organe mari, ceea ce cauzează complicații ale respirației și fluxului de sânge. Animalele clonate suferă și de probleme imunitare, cerebrale și rinichi.
Există, de asemenea, probabilitatea ca clonele să aibă o vârstă mai mare datorită unui nucleu deja transferat. Oamenii de știință sunt îngrijorați că cromozomii pot avea proprietăți compromise care duc la o îmbătrânire îmbunătățită. Experții avertizează cu privire la complicațiile de dezvoltare care pot apărea și din această problemă.
Multe ridică întrebări cu privire la deformările care pot apărea în clonarea umană, iar clonarea umană ridică anumite întrebări etice. De exemplu, adversarii susțin că clonele umane nu ar avea în mod real nici o autodeterminare, deoarece ar fi de așteptat să acționeze ca originalul lor genetic.