O metodă de clasificare a organismelor datează din zorii taxonomiei clasice și implică o comparație anatomică brută între trăsăturile fizice ale lucrurilor vii. Asemănările dintre ele pot fi așezate astfel într-un copac dur de rudenie între specii. În conformitate cu Redescoperirea biologiei, această metodă funcționează bine cu sistemul clasic care a fost dezvoltat pentru prima dată de Charles Linn în secolul al XVIII-lea.
O metodă mai modernă și una care ține cont de relațiile adevărate evolutive dintre lucrurile vii este cunoscută sub numele de cladism. Această metodă vizează dezvoltarea unui adevărat copac al vieții, care poate fi utilă pentru identificarea istoriei și a relațiilor dintre organisme. Acest sistem se bazează adesea pe analiza directă a anatomiei brute, ca și în cazul taxonomiei clasice, precum și pe examinarea organismului la nivel molecular pentru a compara proteinele. În conformitate cu Redescoperirea biologiei, cladiștii recurg uneori la o comparație directă punct-cu-punct a secvențelor de nucleotide ale organismelor pentru indicii cu privire la moștenirea lor adevărată.
