Bacteriile găsite în apa de la robinet includ criptosporidium, legionella pneumophila, rotifers, copepods și Escherichia coli, cunoscute mai mult ca E. coli. Rotiferele și copepodele se găsesc frecvent în apa de băut și pot crește suficient de mare pentru a vedea cu ochiul uman, dar ele sunt rareori dăunătoare oamenilor. E. coli poate exista în mod legal în proporție de până la 5% din probele de apă potabilă, în conformitate cu standardele Agenției pentru Protecția Mediului.
Legionella pneumophila, bacteria care provoacă boala legionară, există natural în apă, dar este adesea eradicată prin tehnici de filtrare și tratare a apei. Doar în cazuri rare, legionella apare în apa de băut. În 2015, a apărut un focar în orașul New York din cauza apei contaminate, infectând 127 de oameni și omorând 12.
Deșeurile de fecale umane și animale sunt surse comune de contaminare cu cryptosporidium, un organism cu o singură celulă. O persoană infectată cu cryptosporidium poate prezenta simptome precum diaree, vărsături și crampe. Filtrele moderne și tehnicile de tratare a apei filtrează aproximativ 99% din această bacterie din apa de băut.
De asemenea, este posibil să se găsească bacteriile anabaena circinalis și salmonella enterica în apa de la robinet, precum și sporii de mucegai de Chaetomium și rhizopus stolonifer, care este mai cunoscut sub numele de mucegai de pâine neagră.
