Diferența principală dintre Photosystem I și Photosystem II este vârful de absorbție. Potrivit lui HyperPhysics de la Universitatea de Stat din Georgia, sistemul Photosystem I are un maxim de absorbție de 700 nanometri, în timp ce Photosystem II are un maxim de absorbție 680 nanometri.
Fotografiile sistemelor I și II sunt părți majore ale procesului de fotosinteză, deoarece acestea sunt cele două mari proteine sau centrele de reacție fotosintetice, responsabile de captarea fotonilor individuali de lumină utilizați pentru producerea zahărului. Sistemul Photosystem I este un complex de douăsprezece proteine care susțin și poziționează peste 100 de cofactori. Utilizează antene complexe, care sunt pigmenți de recoltare ușoară, cum ar fi clorofila și beta caroten, pentru a absorbi pigmentul care înconjoară moleculele de clorofilă din centrul de reacție. Pigmentii absorb fotonii și transferă energia de la moleculă la moleculă până când ajunge la centrul de reacție al Photosystem I. După ce ajunge în centrul de reacție, energia este folosită pentru a transfera un electron într-un acceptor de electroni, care ulterior este folosit pentru a alimenta Calvin ciclu.Sistemul Photosystem II are o proteină de legare mult mai mică decât Photosisystem I, care are o greutate moleculară de 110.000. Sistemul Photosystem II are o greutate moleculară de aproximativ 47.000, potrivit HyperPhysics. În plus, Photosystem II conține molecule de clorofilă a și b și xantofile, dar nu conține pigmenți beta-carotenici cum ar fi fotosistemul I. În cele din urmă, în timp ce Photosystem I colectează energie pentru ciclul Calvin, Photosystem II colectează energia pentru primele etape ale electronului non- ciclu de transport.
