Două dezavantaje principale ale energiei hidroelectrice includ costul ridicat al investițiilor și dependența de precipitații. Instalațiile hidrotehnice pot avea un impact negativ asupra mediului, în ciuda faptului că nu cauzează poluarea, inclusiv pierderea habitatelor de pești, deplasarea populației locale și inundarea terenurilor din jur.
O centrală hidroelectrică necesită un rezervor de apă, a cărui mărime depinde de mărimea generatoarelor hidroelectrice și de topografia terenului. Crearea unui rezervor are un impact negativ asupra zonei înconjurătoare prin terenuri inundabile care ar putea fi folosite în agricultură. În plus, are un efect dăunător asupra vieții sălbatice din jur datorită centralei electrice, cauzând o schimbare a temperaturii apei și modificarea debitului fluviului. Unele rezervoare pot duce la acumularea de metan care ulterior se eliberează în atmosferă.
Rezervoarele afectează de asemenea calitatea apei din aval de instalație. Apa este mai stagnantă decât în mod obișnuit, ceea ce duce la creșterea nivelului de sedimente și nutrienți care favorizează creșterea algelor și a altor buruieni acvatice. Dacă operatorii nu reușesc să elibereze periodic suficiente cantități de apă din rezervor, nivelul apei din aval poate scădea semnificativ, punând în pericol viața animalelor și a plantelor.
Utilizarea energiei hidroelectrice conduce, de asemenea, la riscul unui defect al barajului, care poate avea un efect catastrofal asupra așezărilor din aval și a infrastructurii.
