Dezavantajele fertilizării externe includ dependența de apă și cantitatea mare de spermatozoizi și ouă uciși care nu ajung niciodată la o gamă corespunzătoare, chiar dacă organismele care eliberează ouăle și sperma sunt în imediata vecinătate. , ouăle eliberate nu pot avea coajă, deoarece acestea ar opri sperma.
Fertilizarea externă este folosită numai de animalele care se reproduc în apă, deoarece sperma necesită apă pentru a înota pentru a ajunge la ouă. Animalele care utilizează această strategie de reproducere includ majoritatea peștilor, majoritatea amfibienilor și multe alte tipuri de nevertebrate acvatice. Din cauza fertilizării incerte a unui anumit ou, animalele care utilizează fertilizarea externă produc în mod obișnuit un număr foarte mare de spermatozoizi și ouă.
Fertilizarea externă are și avantaje față de fertilizarea internă. În fertilizarea internă, un bărbat dintr-o specie introduce direct sperma într-o femelă, care apoi înota în fluidele din jurul tractului reproductiv pentru a ajunge la ouă. Aceasta este strategia utilizată în mod obișnuit de animale care se reproduc pe uscat. Deși aceasta este o metodă mai sigură în ceea ce privește probabilitatea ca fiecare ou să fie fertilizat, este mai complicat decât fertilizarea externă. Aceasta necesită o coordonare strânsă între bărbați și femei în ceea ce privește comportamentul și fiziologia, ceea ce necesită controale hormonale extinse.