Ecoturismul poate aduce fondurile necesare eforturilor de conservare din întreaga lume, dar poate pune și stres asupra faunei și a populației locale, dacă nu este tratată corect. Cu cat vizitatorii au un ecosistem fragil in fiecare an, cu atat este mai probabil ca traficul sa deterioreze habitatele si sa afecteze mediul local. Ecoturismul poate aduce, de asemenea, investiții și dezvoltare externe într-o regiune, la costul locurilor de muncă și al infrastructurii locale.
Un dezavantaj major al ecoturismului este că acesta transformă adesea economia locală într-o economie turistică, înrăutățind perspectivele economice naturale ale zonei în favoarea servirii străinilor bogați. Acest lucru poate distruge industria locală și agricultura, deoarece lucrătorii găsesc salarii mai bune pentru oaspeți și pot duce la o spirală economică descendentă. Un aflux extern de numerar poate compensa acest lucru într-o oarecare măsură, dar face economia locală în întregime dependentă de fondurile străine, ceea ce reprezintă o situație economică precară.Departamentele de turism trebuie să găsească un echilibru între accesul la speciile sălbatice rare și protecția plantelor și a animalelor pe cale de dispariție. Dacă turiștii nu pot vedea habitate rare și ocupanții lor, nu există niciun motiv pentru a vizita zona, dar prea mult trafic poate avea un efect negativ. Dacă este puțin reglementat, ghizii locali pot oferi vizitatorilor șansa de a ocoli activitățile reglementate, eventual dăunătoare animalelor din centrul industriei ecoturistice.
