O proprietate împărtășită de compușii moleculari constă în faptul că sunt compuși din cel puțin două molecule diferite. Dacă, de exemplu, același element se combină cu un alt atom în sine, acesta nu este un compus molecular, ci o moleculă a acelui element.
O altă proprietate împărtășită de compușii moleculari este distribuția de electroni între elementele care compun compusul. Aceasta este o condiție necesară, dar insuficientă pentru a fi clasificată un compus molecular; elementele identice se pot lega în mod similar, dar nu se numără ca compuși deoarece nu sunt diferiți unul de altul, ca în cazul hidrogenului molecular.
