Atunci când un individ se referă la regatul ciupercilor, fungi este numele științific corect pentru toate organismele care sunt clasificate ca ciuperci. Ciupercile regatului pot fi împărțite mai departe în subregiuni, phyla și subfila.
De exemplu, chytridiomycota conține unele dintre cele mai vechi ciuperci evoluate. Un alt nume, zygomycota, constă în ciuperci care locuiesc în pământ, care septează doar în zonele de reproducere. Ascomycota cu numele de drojdie include drojdiile și mucegaiurile.
Fiecare specie de ciuperci are un nume științific. Amanita flavoconia, o specie de ciuperci, face parte din agariculele de ordine și basidiomycota, în plus față de ciupercile regatului.
