Funcția majoră a intestinului subțire este de a absorbi alimentele și substanțele nutritive. Când alimentele intră în stomac, acidul începe să-l descompună și unii nutrienți sunt absorbiți în stomac. Apoi alimentele trec în intestinul subțire, unde enzimele și bicarbonatul de sodiu curg din pancreas pentru a neutraliza orice acid stomacal rămas și pentru a rupe restul de nutrienți. Intestinul gros absoarbe apa și creează materii fecale.
Intestinul subțire joacă, de asemenea, un rol în sistemul imunitar al organismului. Flora intestinului probiotic nu numai că ajută la digestia compușilor tulburi, ci și la creșterea răspunsului imun al organismului.
Când alimentele intră în intestinul subțire, organismul se ocupă de fiecare tip de moleculă diferit. Lipidele se descompun în acizi grași și glicerol, în timp ce proteinele se descompun în aminoacizi și peptide pentru o absorbție ușoară în organism. Carbohidrații se pot descompune în zaharuri simple, dar moleculele complexe de carbohidrați pot trece prin intestinul subțire relativ intacte. Odată ce ajung în intestinul gros, bacteriile le sparge și produc gazul intestinal ca produs secundar. De aceea alimente bogate in carbohidrati complexi, cum ar fi fasolea, pot provoca disconfort intestinal. Pentru a combate acest efect, enzimele speciale descompun carbohidrații complexi înainte ca bacteriile să aibă șansa de a le consuma, împiedicând eliberarea gazului.
