Cianobacteriile, cunoscute și ca alge albastre-verzi, diferă cel mai bine de celelalte bacterii, deoarece cianobacteriile posedă clorofila A, în timp ce majoritatea bacteriilor nu conțin clorofil. și le determină să dea oxigen în timpul fotosintezei.
Există și alte diferențe între bacterii și cianobacterii. În timp ce bacteriile pot sau nu pot avea cozi mici sau flagelă, pentru a le propulsa înainte, cianobacteriile nu o fac. Cyanobacteria este, de asemenea, de obicei mai mare decât alte bacterii. În timp ce cele mai multe bacterii sunt heterotrofice, ceea ce înseamnă că consumă alte materii organice pentru alimente, cianobacteriile sunt autotrofe, capabile să producă alimente proprii din compuși organici prin fotosinteză.
Cianobacteriile diferă de asemenea de bacterii în ceea ce privește cât de utile sau dăunătoare ar putea fi acestea. Abilitatea cianobacteriilor de a elibera oxigenul în timpul fotosintezei este direct responsabilă pentru prezența oxigenului în atmosfera timpurie a Pământului, creând condiții care să permită dezvoltarea vieții. Cianobacteriile posedă de asemenea capacitatea de a fixa azotul, care poate fi util și dăunător oamenilor. Fixarea azotului face ca cianobacteriile să fie utile ca îngrășământ agricol, dar scurgerea pe bază de azot din îngrășăminte sau alte deșeuri poate polua apele și distruge râul și viața marină. Ca bacterii, totuși, cianobacteriile pot fi utile în prevenirea sau tratarea bolilor.
