Enzimele sunt clasificate în șase tipuri: oxidoreductaze, transferaze, hidrolaze, liză, izomeraze și ligaze. Clasificarea enzimelor se bazează pe reacția chimică pe care enzima o catalizează.
Enzimele clasificate ca oxidoreductaze efectuează reacții de oxidare și reducere, prin care un substrat este oxidat și altul este redus. Transferase muta grupuri funcționale de la o moleculă la alta. Hidlazele rupe legăturile singulare dintre atomi prin adăugarea unei molecule de apă. Lizurile transferă grupări amino, apă sau amoniac pentru a forma sau elimina o dublă legătură într-o moleculă. Izomerazele modifică poziția grupurilor funcționale astfel încât substratul și produsul să fie izomeri unul de altul, ceea ce înseamnă că aceștia conțin același număr de atomi. În cele din urmă, ligazele catalizează reacțiile chimice prin îndepărtarea unei molecule de apă pentru a crea legături simple.
