În timpul unei cistoscopii flexibile, bărbații pot simți disconfort atunci când medicul introduce cistoscopul în uretra și vezica urinară și poate simți o senzație mică de ciupire dacă medicul face o biopsie, afirmă WebMD. Pentru două zile, pacienții pot prezenta dureri uretrale și senzație de arsură la urinare.
Din 2015, studiile arată că pacienții suferă cel mai multă durere în timpul unei cistoscopii flexibile când cistoscopul trece prin uretra, înregistrând un scor mediu de durere de 2,82 pe o scară de la 1 la 10. Scorul de durere a variat de la 0,14 la 0,33 la de alte ori in timpul procedurii, noteaza Centrul National de Informatii Biotehnologie. Când cistoscopia are loc în cabinetul medicului, pacienții care pot vedea procedura pe ecranul video, așa cum apare, se confruntă cu aproximativ 40% mai puțină durere decât pacienții care nu văd această procedură.