De la descoperirea lor, în 1757, au fost găsite amoebe care trăiesc în aproape toate habitatele acvatice imaginabile. Acestea sunt endemice în apă dulce, apă sărată, râuri, creeks și fluxuri. Unele amoebe pot fi găsite în roua dimineții, în timp ce altele sunt parazitare și trăiesc în corpurile altor organisme.
În cazul în care trăiesc în corpuri în picioare de apă, amoebii tind să se adune aproape de fund în sau în apropierea noroiului. Această afinitate pentru sedimentele umede duce la amoeba terestră, care se dezvoltă în sol umed. Atunci când mediul lor se usucă sau devine ostil, multe specii de amoeba reacționează prin formarea unui chist și hibernare până când condițiile se îmbunătățesc.
