Conform WebMD, penicilina nu este prescrisă frecvent pentru a vindeca vaginoza bacteriană. Antibiotice cum ar fi clindamicina, metronidazolul și tinidazolul distrug bacteriile care cauzează vaginită bacteriană.
Anumite antibiotice utilizate pentru tratarea vaginitei bacteriene pot fi administrate pe cale orală sau introduse în vagin sub formă de cremă, gel sau supozitor. Medicamentele vaginale sunt avantajoase deoarece provoacă mai puține efecte secundare sistemice decât medicamentele pe cale orală, potrivit WebMD. Femeile gravide, în special cele cu risc crescut de travaliu prematur, sunt sfătuite să evite tratamentul vaginal. Vaginoza bacteriană revine frecvent după tratament, așa că uneori medicii prescriu medicamente pentru o perioadă mai lungă de timp pentru a preveni recurența.