Ecologii fac modele de habitate și ecosisteme să studieze întrebări care ar fi imposibilă, impracticabilă sau lipsită de etică să răspundă prin testarea ecosistemelor reale. În schimb, ecologii compun programe matematice complicate care ar trebui să reacționeze într- ecosisteme atunci când se confruntă cu stimuli similari. Potrivit unui articol din BioScience, modelele produc deseori rezultate surprinzătoare și neașteptate.
De exemplu, un ecologist poate crea un model care încearcă să determine modul în care energia curge printr-un mic ecosistem de iaz. În consecință, omul de știință ar trebui să conceapă modelul pentru a ține cont de diferitele moduri în care energia intră în ecosistem, cum ar fi soarele, creaturile care se deplasează la apă și materia vegetală scufundată în iaz. În plus, ecologul ar trebui să se asigure că modelul reprezintă toate modalitățile prin care energia părăsește ecosistemul, cum ar fi atunci când animalele părăsesc iazul.Modelele nu sunt recreații perfecte ale lumii naturale și, uneori, ele produc rezultate care mai târziu se dovedesc a fi false. Acest lucru determină mulți ecologiști să își ajusteze periodic modelele în căutarea unui model care să reflecte cu exactitate lumea reală. Deoarece modelele sunt utilizate atât de extensiv în ecologie, Serviciul Național de Cariere din Regatul Unit recomandă ca potențialii ecologiști să aibă o cunoaștere a computerelor.