Chiar dacă acestea sunt denumite uneori "alge albastru-verde", cianobacteriile nu sunt plante și sunt procariote, în timp ce algele verzi sunt plante și sunt eucariote. Ambele tipuri de organisme își obțin energia din fotosinteză, cianobacteriile nu au un nucleu înconjurat de membrană, a cărui lipsă este o caracteristică structurală a procariotelor. Spre deosebire de algele verzi, cianobacteriile nu conțin cloroplaste.
Algele verzi au un nucleu care este închis într-o membrană, o caracteristică care le clasifică ca eucariote. Celulele algelor verzi sunt, de asemenea, semnificativ mai mari decât celulele prokaryote. La fel ca plantele terestre, algele verzi posedă cloroplaste, dar ele nu au țesuturile diferențiate care să le permită să se adapteze la viața pe uscat și trebuie să trăiască și să se reproducă în apă.Deși nu sunt plante, cianobacteriile conțin clorofilă și multe sunt fototrofe oxigenate care aparțin unei clase de bacterii care pot produce hrana proprie prin fotosinteză. Celulele lor nu au compartimente interioare și sunt pline cu pigmenți fotosintetici. Unele specii de cianobacterii sunt capabile să crească în întuneric folosind zaharoză și glucoză ca sursă de energie și carbon.
Unele dintre cele mai vechi fosile sunt de colonii interconectate de cianobacterii și sunt recunoscute în general ca jucând un rol critic în evoluția vieții terestre dependente de oxigen. Cunoscuta ca fiind extrem de toleranta la conditiile extreme, cianobacteriile au fost primele fototrofe care produc oxigen pentru a evolua pe Pamant si au ajutat la transformarea unui mediu anoxic intr-o singura sustinere a organismelor care necesita oxigen pentru respiratie.
