Șerpi respiră prin mișcarea mușchilor care înconjoară canalul. Ei nu au diafragma care conduce procesul respirator al mamiferelor. O contracție musculară împinge aerul din plămâni. Atunci când mușchii se relaxează, plămânii se umple cu aer.
Lucrarea de schimb de dioxid de carbon pentru oxigen în procesul respirator al șarpelui depinde de plămânul drept. Este mai lungă decât stânga și este situată mai aproape de gură. La unele specii de șerpi, plămânul stâng este puțin dezvoltat și nu servește niciunei funcții esențiale. Cu toate acestea, plămânul stâng al șerpilor de apă ajută la reglarea presiunii din corpul lor în timp ce înoată. Între respirație, un șarpe poate pauza timp de câteva minute.