Cromatografia este folosită în științele medico-legale pentru a identifica consumul de droguri, a diferenția diferitele pulberi de bombe și a evidenția compoziția chimică a diferitelor substanțe. Ca o abordare care permite oamenilor de știință criminalistici să separe componentele chimice, substanța imediat sau ușurează deplasarea într-un test precis.
Folosind cromatografia în strat subțire, oamenii de știință pot descoperi spărgătorii bancilor. Unele bănci plasează vopselele roșii în mijlocul pachetelor de note, care explodează ca o mică bombă când le iau tâlharii. Când cineva răstoarnă o bancă, anunța că unul dintre aceste pachete le este predat. Deși acest colorant roșu explodează și indică faptul că hoțul este vinovat, este necesară cromatografia pentru a face diferența între colorant și alte surse de colorare roșie. Deoarece nici un alt colorant nu are aceeași compoziție ca cea pe care o utilizează băncile, identificarea este o modalitate simplă de a obține dovezi.
Cromatografia este, de asemenea, folosită pentru a diferenția între pulberea de arme și pulbere cu bombe. Chimiștii scufundă pulberea într-un solvent, ceea ce le poate determina să se descompună în părți mai mici. Părțile constituente mai mici sunt apoi plasate într-o mașină de cromatografie cu lichide de înaltă performanță, care le supune forțelor care le fac să se miște în și din tub. Prin înregistrarea ratei la care se deplasează aceste substanțe și măsurarea lor în funcție de timpii de retenție stabiliți, este posibil să se identifice tipul de pulbere.
Testarea medicamentelor este o aplicație obișnuită de cromatografie în domeniul științelor medico-legale. Prin plasarea extractelor de droguri pe materialul de silice și plasarea acestuia într-un solvent, oamenii de știință pot urmări mișcarea moleculelor și le pot măsura împotriva modelelor de droguri cunoscute.