Dinoflagatele se mișcă într-o mișcare spirală în avans, alimentată de bătaia coordonată a două flageluri diferite care se formează din corpul organismului. Un flagel protrude direct din spate și celelalte cercuri în jurul mijlocului celula.
Flautul care se învârte în mijlocul unui dinoflagelat se numește flagelul transversal și se află într-o canelură de-a lungul suprafeței lui protist numită cingulum. Flagul transversal are un aspect aplatizat și numai margini exterioare bate. Mișcarea valurilor se deplasează de la baza flagelului la vârf. Mișcarea flagelului transversal propulsează dinoflaglul înainte și facilitează și rotirea.
Flagul posterior, sau flagelul longitudinal, începe în membrana celulară, se întinde în jos printr-o canelură către partea din spate a organismului și se extinde în spatele corpului dinofelgelatului. Acest flagelum bate încet și regulat pentru a împinge organismul înainte.Miscarea de bataie a flagelui pe un dinoflagelat este posibila prin structura microtubulei din interiorul fiecarui flagel. Microtubulii sunt aranjați într-un tub cu nouă perechi, cu două unități situate în centrul tubului. Mișcarea este inițiată atunci când dubletele microtubulei externe se aliniază una față de cealaltă și această mișcare este alimentată de ATP.
