Potrivit Fundației Naționale de Științe, toți ciupercile sunt heterotrofice, ceea ce înseamnă că ele absorb substanțe nutritive sau energie din alte organisme. Unele ciuperci sunt saprofite și se hrănesc cu materie moartă sau decăzută. Alte ciuperci, pe de alta parte, sunt simbioti, ceea ce inseamna ca absorb nutrientii din organismele vii fara a le distruge sau ucide.
Ciupercile absorb substanțele nutritive crescând prin substrat, materialul organic pe care trăiesc. Ei fac acest lucru prin extinderea hifelor, structurilor tubulare care înconjoară citoplasma, în materialul organic. Numeroase hife lucrează încet prin materialul organic și secretă enzime digestive. Acest proces ajută la descompunerea substratului, ceea ce face mai ușor ca ciupercile să absoarbă substanțele nutritive ale substratului. Hifele se extind pe o suprafață mare a substratului pentru a maximiza contactul cu substratul. Crearea contactului intim cu substratul face ca procesul de absorbție a nutrienților să fie mai eficient. Elementele nutritive difuzează sau transferă în hifee mult mai ușor. Acest proces de extindere a substraturilor face ca ciupercile să fie mai susceptibile la uscăciune și dezechilibre ionice. Cu toate acestea, deoarece ciupercile cresc de obicei pe substraturi umede, aceasta nu este de obicei o problemă.
Ciupercile sunt cunoscute în mod obișnuit pentru descompunerea sau hrănirea unor materii moarte și degradante, cum ar fi frunzele căzute și lemnul putred. O relație simbiotică comună este mycorrhizae, care este o relație benefică între rădăcinile unei plante și ciuperci.
