Vacuoles se aglomerează prin introducerea de materiale care produc energie prin endocitoză. Lizozomii se atașează la aceste organele, topind ca enzime digerarea conținutului vacuolelor. Lizozomii și vacuolele lucrează împreună pentru a forma un sistem digestiv pentru o celulă eucariotă.
Materia folosită în producerea de energie - cum ar fi amidonul, grăsimea și glicogenul - intră în celulă prin endocitoză. Vacuole se formează prin acest proces de strângere din membrana exterioară a celulei. Atunci când vacuolul înfășoară materia, devine un endosom. Înconjurat de propria sa membrană celulară, endozomii stochează materiale celulare până când sunt gata de procesare prin lizozomi.În timp ce structura este produsă de corpul Golgi, enzimele puternice sunt produse de reticulul endoplasmatic. Aproximativ 50 de enzime diferite, cunoscute ca hidrolaze acide, descompun proteinele, materialele genetice, polizaharidele, lipidele și organele într-un proces numit autofagie. Lizozomii se atașează la endosom, creând un alt lizozom în care digera materia. Lizozomii înconjurători sunt un strat de membrană celulară pentru a proteja restul celulei de conținutul său intern. Când materialele au fost digerate suficient, ele difuzează prin membrana lizozomă în citoplasmă.
Condițiile genetice, cum ar fi boala Tay-Sachs, pot duce la disfuncționalitatea acestui sistem de eliminare. Datorită lipsei unei enzime, acumularea de macromolecule nedigerate devine în detrimentul sistemului nervos și al altor organe.
