Ploaia acide nu ucide de obicei plantele direct, deși nu slăbește frunzele multor plante. În schimb, acesta tinde să afecteze plantele prin limitarea substanțelor nutritive pe care le obțin sau eliberarea toxinelor din sol. Numai acestea determină o plantă să crească mai lent, dar dacă este combinată cu alte stresuri de mediu, aceasta poate duce la moarte. Pădurile supuse la ploi acide au fost observate cu rumenire și pierderea prematură a frunzelor. Întreaga suprafață de pădure se pierde din cauza ploii acide ca factor care contribuie.
Ploaia acidă are o capacitate mai mare de a dizolva niște nutrienți ai solului decât ploaia normală, astfel încât poate duce cu ușurință la scurgerea acestor nutrienți din sol. În același timp, ele pot, de asemenea, dizolva substanțe toxice, cum ar fi aluminiul, și le pot expune rădăcinile plantelor. Unele soluri au particule de calcar sau alte substanțe care neutralizează aciditatea ploii. Chiar și în unele dintre aceste cazuri, cantități mari de ploaie acidă sau ceață acide pot depăși protecția.
