Ploaia acidă afectează animale prin modificarea pH-ului mediului înconjurător. Aciditatea crescută provoacă schimbări anatomice, reduce populația unor organisme și poate afecta reproducerea la unele specii.
National Geographic definește ploaia acidă ca orice tip de precipitații care conține niveluri ridicate de acid sulfuric și azotic. Când ploaia acidă ajunge pe Pământ, acizii se scufundă în sol și intră în sistemele de apă, cum ar fi râurile, lacurile și curenții. În ecosistemele acvatice, ploaia acidă dăunează animalelor prin creșterea acidității apei. Aceasta crește cantitatea de aluminiu absorbită din solul din jur, ceea ce face apa toxică pentru animalele acvatice. În zonele în care pH-ul apei scade sub cinci, există mai puțini raci și insecte. Aciditatea crescută afectează, de asemenea, capacitatea de creștere și reproducerea peștilor.
Ploaia acide are și un efect asupra animalelor care trăiesc în pădure. Ploaia promovează schimbări ale pH-ului solului, ceea ce face mai greu copacii să se absoarbă în apă. Efectele ploii acide fac, de asemenea, mai greu copacii și alte plante să reziste la boli, la deteriorarea insectelor și la schimbările de temperatură. Atunci când pomii și plantele distruse mor, nu există prea multe alimente disponibile animalelor care trăiesc în ecosistemul forestier.