Anchilozaurul a dispărut de celelalte mari dinozauri în timpul evenimentului de dispariție cretacic-paleogenic care a avut loc acum 66 de milioane de ani. În timp ce rămân câteva întrebări despre ceea ce a provocat această dispariție, dovezile geologice sugerează că cel puțin un asteroid masiv sau o cometă a afectat Pământul, trimițând valuri de șoc prin atmosferă și schimbând drastic clima.
Cele mai vechi fosile de anchiloză datează de 66,5 milioane de ani, marcând această specie ca una dintre ultimele care apar înainte de dispariția în masă care a distrus dinozaurile. Majoritatea fosilelor existente ale acestei specii au fost găsite în Wyoming, Montana și Canada.
Ipoteza lui Alvarez este explicația principală a ceea ce a distrus dinozaurile. Acesta susține că un asteroid foarte mare a lovit Pământul, declanșând evenimente care au cauzat prăbușirea ecosistemului dinozaurilor. Descoperirea unui crater masiv de pe peninsula Yucatan și prezența iridiului în sedimente mondiale în jurul acestui eveniment oferă dovezi puternice în favoarea acestei ipoteze. Iridiul este un metal extrem de rare găsit doar în asteroizi, iar prezența sa la sfârșitul perioadei cretacice sugerează că cel puțin o rocă masivă sa prăbușit pe Pământ la acel moment. Cu toate acestea, craterul Yucatan nu este singurul crater mare din această perioadă, conducând unii paleontologi și geologi care sugerează că nu una, ci o serie de impacturi au devastat Pământul și au ucis dinozaurii.
