Vânătoarea albastră a balenelor este interzisă de Comisia internațională pentru vânătoarea de balene, iar balena albastră este listată ca fiind amenințată de lista roșie IUCN a speciilor pe cale de dispariție și cu Actul privind speciile pe cale de dispariție din SUA din 2014. Alte eforturi de conservare includ monitorizarea populațiilor prin etichete prin satelit observatori la bord.
Datorită dimensiunii lor, balenele albastre nu au fost vizate de balene până la sfârșitul secolului al XIX-lea, când a fost inventat tunul de harpoon montat pe punte. De atunci până la interdicția IWC de a vâna în 1966, populațiile de balene albastre au scăzut cu 70-90%. Vânătoarea ilegală a continuat să apară până la sfârșitul anilor 1970, dar de atunci până în 2014, nu a existat vânătoare comercială de balene albastre, cu excepția incidentelor izolate.
În afară de vânătoare, balenele albastre se confruntă cu amenințări precum grevele navelor, entuziasmul în echipamentele comerciale de pescuit, zgomotul cauzat de navele oceanogene și degradarea habitatelor datorate poluării și încălzirii globale. Etichetarea prin satelit îi ajută pe cercetători să învețe rutele de balene pentru a evita confruntările cu navele și pescuitul. Observatorii din zonele de pescuit răspândite și de traficul naval ajuta la evitarea coliziunilor și complicațiilor. Utilizarea de pingeri acustice ajută la îndepărtarea balenelor albastre și a altor mamifere marine din locurile de pescuit. Domeniile de monitorizare și de cercetare aflate în desfășurare includ degradarea habitatului prin poluarea în zonele cu populație de balene albastre, cum ar fi zona râului St. Lawrence din Atlanticul de Nord și topirea gheții antarctice din cauza încălzirii globale.
