Începând cu septembrie 2015, deși nu s-au depus plângeri oficiale la Better Business Bureau sau la BBB împotriva Whitaker Wellness Institute Medical Clinic, au fost depuse numeroase plângeri ale consumatorilor la Consiliul Național împotriva fraudei în domeniul sănătății, sau NCAHF. Aceste reclamații includ promovarea de către Whitaker a megavitaminelor pentru utilizări necorespunzătoare și faptul că dr. Whitaker, un medic specialist în medicina alternativă, nu este certificat în medicina preventivă, potrivit Consiliului Național împotriva Fraudelor în Sănătate.
O plângere comună împotriva dr. Whitaker este că prezintă în mod eronat punctul de vedere al profesiei medicale în general, explică Consiliul Național împotriva fraudei în materie de sănătate. De exemplu, pe site-ul său la DrWhitaker.com, el descrie "Cei mai mari minciuni pe care le spune profesia medicală", inclusiv "boala se întâmplă", "persoanele în vârstă au întotdeauna probleme medicale" și "nu puteți face nimic". Aceste afirmații sunt false deoarece medicina obișnuită nici nu crede sau nu avansează aceste propoziții. Aceasta se numește o tactică "om de paie" folosită pentru a face pe Whitaker să pară superior celorlalți medici.
O altă plângere împotriva dr. Julian Whitaker este că este promotor al terapiei de chelare pentru bolile vasculare, notează Consiliul Național împotriva Fraudelor în Sănătate. Terapia prin chelation este un proces chimic în care o soluție sintetică este injectată în fluxul sanguin pentru a îndepărta metalele grele sau mineralele din organism. Deși este aprobat pentru detoxifierea metalelor grele, terapia de chelare nu este aprobată pentru boală vasculară sau pentru orice altă problemă medicală, dar este frecvent utilizată de Dr. Whitaker.
