Corpurile de apă afectate de ploile acide includ fluxurile și lacurile din jurul Adirondacks și Munții Catskill, în zonele înalte ale regiunii mijlocii și ale Midwestului de Sus. Un sondaj realizat de Agenția pentru Protecția Mediului arată că peste 75% din toate cele 1000 de corpuri de apă dulce de peste 10 hectare sunt acidulate.
Situația este deosebit de gravă în zonele în care capacitatea de tamponare a solului este slabă, deoarece aceasta duce la acumularea de aciditate a solului atunci când ploaia acidă scade continuu. Little Echo Pond în Franklin, N.Y., este un prim exemplu, înregistrând un pH de 4,2. Curenții care curg prin regiuni cu o capacitate scăzută de tamponare a solului absoarbă aciditatea solului, câștigând aciditatea proprie. Alte surse de aciditate a fluxului includ scurgerea acidă de la descărcări și topirea în zăpadă.Ploaia acide provoacă, de asemenea, probleme ecologice, inclusiv reducerea populației de pești din cauza eradicării icrelor și a icrelor. Ploaia acută împiedică creșterea copacilor, afectând echilibrul ecologic al biomeselor forestiere. Rata de eliberare a ionilor de metale, cum ar fi aluminiul, în ecosistem este accelerată într-un mediu acid. Acești ioni metalici sunt toxici, provocând daune importante peștilor și animalelor acvatice. Distrugerea plantelor și a animalelor datorită ploii acide duce la un efect cascadă, în care biodiversitatea compromisă a ecosistemului provoacă propriile complicații.
