Jupiter are o atmosferă uscată, groasă; vânturile de mare viteză, turbulențele și furtunile de lungă durată sunt comune. Vremea pe Jupiter este mult diferită de cea pe care o găsim pe o planetă stâncoasă, cum ar fi Pământul.
Vânturile din atmosfera superioară a lui Jupiter au fost înclinate la mai mult de 220 de mile pe oră. Oamenii de știință nu știu exact ce este Jupiter sub nori. Cu toate acestea, cei mai mulți cred că atmosfera are o grosime de circa 30 de mile și conține două nivele de nori. Stratul inferior al norii este gros și opac, în timp ce stratul superior este subțire și transparent. Nu se știe ce se află sub cei mai groși nori, dar majoritatea oamenilor de știință se îndoiesc că Jupiter are o suprafață adevărată care formează granița dintre planetă și atmosfera sa. Este posibil ca "suprafața" să fie o tulbureală, o minge înghețată de gaze.
Jupiter are un spot roșu renumit care a persistat cel puțin în ultimele câteva sute de ani. Punctul roșu este înregistrat în aproape toate înregistrările istorice de la astronomii care au studiat planeta. Oamenii de știință suspectează că fața roșie uriașă este de fapt un uragan sau tornadă asupra lui Jupiter. Cu toate acestea, această furtună este mult mai mare decât orice furtună de pe Pământ. Pata roșie se micșorează și crește în timp, dar la cea mai mare, se apropie de 25.000 de mile în diametru.
