Chihuahua merle este un Chihuahua cu un strat dappled. Merle este un model de haina gasit in multe rase de caini domestici; se compune din blotte de culoare mai închise pe un fundal mai deschis, de aceeași nuanță.
În Chihuahua, merle este puternic asociat cu o serie de probleme de sănătate. Este legat de surditate și anomalii ale ochiului, craniului și sistemului reproducător. Mai multe țări, inclusiv toate cele 83 de țări care utilizează standardele europene FCI, interzic meduarea Chihuahua de a fi înregistrate într-un efort de a preveni reproducerea ulterioară. Începând cu 2014, clubul american de kennel acceptă orice strat sau model în chihahua de calitate, inclusiv merle.