Unele specii de lilieci se hibernează, iar altele sunt active pe tot parcursul anului. Liliecii care locuiesc în zonele unde insectele cad în timpul iernii tind să hiberneze din cauza epuizării surselor alimentare și a liliecilor în zonele tropicale o pradă de încredere pe tot parcursul anului nu hibernează de obicei.
Liliecii se rostogolesc în bile în timpul hibernării și de obicei hibernează pe pereții sau pe plafoanele peșterilor. Unele specii de lilieci hibernează timp de până la șase luni, existând doar câteva grame de rezerve de grăsime. Abilitatea lor de a scădea temperatura corpului și de a-și încetini metabolismul și ritmul cardiac le permite să hiberneze pentru atâta timp. Liliecii pierd aproximativ jumătate din greutatea corporală totală în timpul hibernării.