Câinii boxer pot avea o mare varietate de probleme de sănătate, inclusiv probleme de inimă, tulburări ale măduvei spinării, umflături, alergii și diverse tipuri de cancer. Hipotiroidismul este o altă problemă comună a sănătății.
Cazurile de cancer și de hipotiroidi sunt boli proeminente pentru câinii boxer. Cardiomiopatia la câini este o afecțiune cardiacă care cauzează bătăi cardiace inegale.
Problemele neurologice ale măduvei spinării, cum ar fi mielopatia degenerativă, o boală progresivă, incurabilă, în care teacă măduvei spinării se poate sparge.
Alte afecțiuni pentru câinii de boxer, care se găsesc frecvent la toate rasele de câini, includ alergii și bloat, care sunt ușor controlate cu o dietă adecvată și medicamente.