Flying mustele sunt printre cei mai mici membri ai ordinului Diptera și au ochi mari, pronunțate compuse, corpuri în formă de ovală și un set de patru aripi, la fel ca muștele mai mari. Fructe zboară aproximativ 1 milimetru în lungime, iar femelele sunt puțin mai mari decât bărbații. Ele se aseamănă foarte mult cu multe specii de muște înfățișând, împărtășind aceiași formă unică a corpului, aripi mari și ochi bombați, dar au câteva diferențe biologice cheie.
Muștele de fructe sunt separate din punct de vedere biologic de cele mai apropiate rude de către aristeii lor pectinate, care sunt niște mici structuri de păr care le acopera antenele. Frunzele de fructe își bateau aripile mai rapid și mai agresiv în timpul zborului decât verișorii lor mai mari, ceea ce le conferă un sunet distinctiv, mai înalt, în timp ce zboară prin aer decât majoritatea altor muște. Ca și în cazul altor specii din ordinul Diptera, muștele de fructe variază în funcție de specie. Unele sunt vibrante și vii și au corpuri și aripi colorate în portocaliu strălucitor, purpuriu și auriu, în timp ce altele sunt albastru închis, gri și negru. Flying mustele au antene lungi, care pot fi de două ori mai mare decât lungimea corpului lor. Aceste antene sunt echipate cu capături mici la capăt, care ghidează muștele la proviziile alimentare. Flying mustele au ochi compozit supradimensionate, ca cele mai multe insecte, care, în esență, le dau viziune 3-D
