Un dezavantaj major al îngrășării gunoiului în depozitele de deșeuri este potențialul de poluare a solului și a apelor subterane înconjurătoare cu toxine și levigate. Când se descompune, se elimină metanul și alte gaze cu efect de seră care contribuie la schimbările climatice provoacă, de asemenea, probleme de sănătate pentru oameni și animale.
În mod normal, gunoiul conține o cantitate imensă de substanțe chimice toxice, cum ar fi mercur, arsenic, plumb și PVC. Aceste toxine se acumulează în depozitele de deșeuri de-a lungul timpului și au potențialul de a polua și de a provoca daune grave zonei înconjurătoare dacă nu sunt izolate. O altă sursă potențial importantă de poluare este levigatul, care este lichidul foarte toxic care se formează ca gunoi.
Gazele de ardere, care se referă la cantitățile uriașe de dioxid de carbon, metan și alte gaze dăunătoare de seră produse în timpul descompunerii, reprezintă o altă problemă. În plus față de mediul înconjurător, metanul este incredibil de inflamabil și au existat cazuri în care acesta se scurge în clădiri în apropierea depozitelor de deșeuri și duce la explozii.
Toate aceste probleme sunt agravate de faptul că este nevoie de sute, până la mii de ani, pentru ca cea mai mare parte a gunoiului din depozitele de deșeuri să se descompună. Aceasta înseamnă că toate aceste probleme ar putea continua și chiar se vor agrava în timp.