Epicul lui Gilgamesh are mai multe teme morale, dar tema principală este că dragostea este o forță motivantă. Alte teme morale din acest epic sunt inevitabilitatea morții și pericolul de a se ocupa de zei .
Dragostea din prietenia lui Enkidu și a lui Gilgamesh îi inspiră pe amândoi să fie bărbați mai buni în diferite moduri. Gilgamesh a reușit să tragă pe Enkidu din căile sale egoiste și să-l inspire pe Enkidu în noblețe. La rândul său, Enkidu verifică neliniștea lui Gilgamesh și îl motivează pe Gilgamesh să-i oprească agresiunea și tirania, permițându-i să devină un erou mai bun și rege. Legătura lor permite lui Gilgamesh să ia legătura cu nevoile poporului său.Lipsa unui interes romantic pentru acest epic nu înseamnă că dragostea erotică nu joacă nici un rol. Educația lui Enkidu începe cu inițierea sa sexuală de către o curvă templară. Aceasta este ceea ce începe problemele celor doi eroi, deoarece coincide cu dezaprobarea lor față de Ishtar, zeița iubirii. Numai atunci când Gilgamesh înțelege că locul său este pe pământ, Ishtar se întoarce la locul ei de onoare.
O altă mare lecție pe care Gilgamesh o învață este adevărul inevitabil al morții umane. Îi resemnează nemurirea zeilor, iar când Enkidu moare într-o moarte dureroasă, Gilgamesh devine și mai înspăimântat de ideea propriei moarte. A doua călătorie în Utnapishtim, o încercare de a scăpa de moarte, îl învață că, deși oamenii mor, omenirea încă mai trăiește.
Atât Gilgamesh, cât și Enkidu află că zeii sunt periculoși să se ocupe, deoarece se pot comporta emoțional și irațional. Prin marele inundații, ei învață că acțiunile zeilor nu pot fi înțelese de oameni. În Mesopotamia, pietatea și respectul față de zei nu sunt obligații, ci mai degrabă o recunoaștere practică a puterii naturii și o reamintire a rolului omenirii în schema mai largă a lucrurilor.
