Există multe diferențe semnificative între replicarea ADN-ului procariotic și eucariot. O astfel de diferență este complexitatea procesului de replicare a celulelor eucariote în comparație cu simplitatea relativă a procesului de replicare în celulele procariote. O altă mare diferență este viteza la care are loc replicarea.
Deoarece celulele procariote au o structură mai simplă decât celulele eucariote, procesul de replicare a ADN pentru celulele procariote este mult mai simplu. Pentru unul, celulele procariote nu au nuclee unde se găsește materialul genetic. Replicarea apare în citoplasma celulelor procariote, spre deosebire de replicarea care apare în nucleul celulelor eucariote.
Originea replicării în celulele procariote este limitată la un singur loc, în timp ce există peste 1.000 de origini în celulele eucariote. În celulele procariote, replicarea are loc la un moment dat, în timp ce replicarea eucariotă are loc simultan la toate aceste puncte de origine. Mergând împreună cu aceasta, celulele procariote au o singură furculiță de replicare, în timp ce celulele eucariote au multe furci de replicare. Cromozomii celulelor procariote nu au cromatină, care reprezintă majoritatea cromozomilor din celulele eucariote.
În cele din urmă, replicarea procariotică este rapidă, în timp ce replicarea eucariotei este lentă. Această viteză la care se replică celulele procariote este văzută odată cu creșterea rapidă a bacteriilor.