Diferența principală dintre sistemul de gestionare a bazelor de date sau sistemul DBMS și sistemul de gestionare a bazelor de date relaționale RDBMS este că aplicațiile DBMS stochează datele ca fișiere, în timp ce aplicațiile RDBMS stochează datele în tabele. DBMS este predispus la redundanța datelor. Într-o RDBMS, fiecare tabel are un identificator unic cunoscut sub numele de "cheie primară"; acest lucru reduce cazurile de redundanță a datelor.
Datele pot fi stocate într-un DBMS într-o formă de navigare sau ierarhică. Fiecare unitate de date unică are de obicei un nod părinte și unul sau mai multe noduri copil. Accesul la date este mai lent pentru cantitățile mari și complexe de date. Ambele date și relația dintre valorile datelor într-o RDBMS sunt stocate în formă tabelară. Acest lucru face mai ușor și mai rapid accesul la datele stocate într-o bază de date relațională. Datele stocate în sistem sunt, de asemenea, logic și fizic independente.
Bazele de date relaționale sprijină integritatea datelor, capabilități avansate de interogare, securitatea bazelor de date și independența structurală, în timp ce DBMS nu. Sistemul de gestionare a bazelor de date relaționale este o versiune îmbunătățită a DBMS.
Cele mai multe aplicații de bază de date sunt compatibile RDBMS și DBMS. Aceasta înseamnă că pot menține bazele de date atât în formă tabulară, cât și în formă relațională, și în fișier. Modelul RDBMS este mai ideal pentru stocarea unor cantități mari de date.