Structura Penn Station constă din trei nivele: nivelul stradal, nivelul superior și nivelul inferior. Dispunerea conține, de asemenea, piste și platforme de tren, zone de depozitare a bagajelor, magazine și restaurante. Nivelul de stradă are principalele intrări la Gara Penn, incluzând intrarea pe 34th Street Long Island Rail Road în apropiere de 7th Avenue, intrarea 7th Avenue LIRR și New Jersey Transit de pe străzile 31 și 32, precum și intrările din 8th Avenue Amtrak de pe străzile 31 și 33 .
Nivelul superior al stației Penn este locația pentru serviciul de tren Amtrak și New Jersey Transit. Partea a VIII-a a clădirii găzduiește platformele Amtrak, iar partea 7 a bulevardului din clădire deține terminalul NJ Transit. Nivelul inferior este amplasarea platformelor LIRR și oferă mai multe concursuri: Concurența West End, Concourseul de ieșire, Concurența centrală, Coridorul Hilton și Concertul de legătură. De aici, este posibilă conexiunea cu liniile de metrou A, C și E din New York City și cu 1, 2 și 3.
Elevatorii oferă acces la stradă și stație la stația Penn Station, la intrările principale din 34th Street și 7th Avenue. Stația Penn găzduiește o serie de furnizori de alimente și băuturi, precum și furnizori de servicii de cumpărături și servicii.
