Japonia este o națiune insulară, ceea ce înseamnă că nu împarte granițele terestre cu alte țări. Cele mai apropiate țări din Japonia sunt Rusia, Coreea de Nord, Coreea de Sud, China și Taiwan.
Japonia constă dintr-o serie de insule situate în Asia de Est. Se învecinează cu Marea Japoniei la vest, Oceanul Pacific spre est, Marea Chinei de Est și Marea Filipină spre sud. Apele sale teritoriale îl aduc în contact strâns cu mai mulți vecini, iar unele dintre aceste teritorii au litigii. Discuția cea mai notabilă implică afirmații contradictorii formulate de China și Rusia cu privire la insulele mici din largul coastei și în apele teritoriale din jurul Japoniei.