Joe Scarborough a fost divorțat în ianuarie 2013, în conformitate cu TMZ. Cuplul a început prima procedură de divorț în septembrie 2012 și, conform termenilor unei înțelegeri, împărtășesc custodia comună a celor doi copii mici, începând din octombrie 2015.
Joe Scarborough a stabilit termenii divorțului de la soția sa, Susan Waren, acceptând să plătească plăți de susținere pentru Susan Susan în valoare de 30.000 de dolari pe lună timp de cinci ani, urmată de plăți de 25.000 de dolari pe lună pentru încă doi ani. Cuplul continuă să împartă ocuparea casei casnice.Scarborough neagă zvonurile despre o relație romantică cu Mika Brzezinski, co-gazda sa pe "Morning Joe" de la MSNBC. Fosta soție a lui Scarborough, Susan, a lucrat anterior pentru fostul guvernator din Florida, Jeb Bush. Înainte de a găzdui împreună "Morning Joe", Scarborough era un congresman din SUA.