Mega Blok-urile sunt în general pe deplin compatibile cu LEGO. Mini Mega Bloks sunt compatibile cu blocurile standard Duplo și blocurile LEGO, iar blocurile Maxi sunt compatibile cu Duplo.
În timp ce sunt compatibile, unele critici afirmă că Mega Bloks este o marcă de calitate inferioară față de LEGO. Datorită calității mai scăzute, neconcordanțele sunt prezente în ghearele Mega Bloks și găurile care nu permit întotdeauna compatibilitatea corespunzătoare cu LEGO. Compatibilitatea funcționează cel mai bine atunci când cărămizile sunt stratificate direct deasupra celuilalt, spre deosebire de modelele construite în 3D. LEGO este considerat un produs mai durabil, dar Mega Bloks este mult mai puțin costisitor.
