Jaguarii sunt în pericol de dispariție, deoarece habitatele lor naturale dispar constant datorită încălcării umane. Cu toate acestea, numerele jaguarului se diminuează, de asemenea, pentru că fermierii le ucid ca pe o amenințare pentru animalele lor, pentru blană. Deși majoritatea țărilor care conțin habitate naturale de jaguar, care variază de la Statele Unite la Argentina, interzic vânătoarea de jaguar, numărul acestora continuă să scadă.
Motivul principal pentru epuizarea populației lumii jaguar este pierderea habitatului. Cei mai mulți jaguari trăiesc în pădurile tropicale dense din jungla amazoniană, dar pădurea se scurge rapid datorită curățării pentru așezarea umană. Oamenii razează copacii pentru ferme de bovine, plantații de cauciuc, agricultura de cacao și construirea de locuințe umane. Adesea, fragmente de junglă deconectate ca rezerve nu dau jaguarelor suficient spațiu în care să prospere. Când pradă lor naturală dispare, jaguarii merg după vite și alte animale. În răzbunare, mulți proprietari de animale de companie angajează vânători cu normă întreagă care trag jaguari la vedere. În plus, în ciuda interdicțiilor internaționale privind vânătoarea, importul și vânzarea blănurilor de jaguar, pieile lor sunt încă în cerere.
Începând cu anii 1960, au fost depuse eforturi considerabile de conservare pentru a salva jaguarul. În 1973, Convenția privind comerțul internațional cu specii pe cale de dispariție a redus drastic vânzarea de blănuri. Eforturile de a reduce impactul uman asupra habitatelor jaguare includ crearea de sanctuare noi, ecoturismul și educarea crescătorilor de vite. Cu toate acestea, astfel de măsuri au fost ineficiente pentru stoparea epuizării constante a numărului de specii.