Potrivit Muzeului de Paleontologie al Universității din California, ciupercile au patru clasificări majore: chytrids, mucegaiuri, drojdii și saculete și ciuperci de club. Fiecare clasificare diferă în mare parte prin metoda reproducerii sexuale, deoarece toate diviziunile de fungi utilizează reproducerea sporilor într-un mod ușor diferit.
Denumirile formale pentru aceste clasificări sunt: chytridiomycota (chytrids), zygomycota (matrițe de pâine), ascomycota (drojdii) și basidiomycota (ciuperci de club). În plus, există două grupuri polifiletice care nu sunt recunoscute de comunitatea științifică. Acestea sunt deuteromycota (fungi asexuali care nu se reproduc sexual) și licheni (comunități simbiotice de ciuperci și alge). Împreună, aceste grupuri sunt toate clasificările formale și informale pentru ciuperci.
