Reptilele respiră la fel ca și oamenii, inspirând și expirând prin plămâni. Unele specii de reptile pot ajuta la respirație prin diferite mijloace, cum ar fi pielea permeabilă pentru schimbul de gaze în apă țestoase, dar toate reptilele trebuie să respire prin plămâni pentru a supraviețui.
În timp ce plămânii sunt necesari pentru toate reptilele, modul în care aerul intră și iese din plămâni variază în funcție de specie. Unele specii transferă aerul în și din plămâni prin musculatura axială, în timp ce alții folosesc pomparea bucală pentru a putea circula pe distanțe lungi, fără a mai fi nevoie să opriți respirația. Crocodilienii sunt reptilele care respira într-o manieră cel mai asemănătoare cu cea a oamenilor.