Pentru a obține personajul Mewtwo în jocul video "Pokémon Crystal", jucătorul trebuie să facă comerț pentru el folosind Time Capsule sau să-l obțină printr-un eveniment. Nu poate fi prins ca și alte personaje în jocul.
Time Capsule permite jucătorilor să folosească "Pokémon Crystal" pentru a-și schimba personajele cu alții folosind un joc de Pokémon de prima generație sau cu copia proprie a unui astfel de joc. Jocurile primei generații sunt "Pokemon Blue", "Pokemon Red" și "Pokemon Yellow". În plus, în Japonia, "Pokémon Green" face parte din prima generație. Fișierul de salvare din jocul de prima generație trebuie să aibă Mewtwo pentru a-l schimba în "Pokemon Crystal".
Nintendo, editorul jocului, oferă, de asemenea, personaje personale jucătorilor la evenimente oficiale. Aceasta este singura modalitate oficială de a obține Mewtwo în jocul "Pokemon Crystal".
