Aligatorii nu respiră, de fapt, sub apă. Deși pot rămâne submersați pentru perioade lungi de timp, ei trebuie în cele din urmă să se umfle prin nări pe boturile lor lungi.
Printre numeroasele adaptări reușite care au permis aligatorilor să rămână în mare parte neschimbate de-a lungul a mii de ani este capacitatea de a rămâne scufundată mai mult de o oră la un moment dat. Această abilitate este ajutată de inima aligatorului, care încetinește atunci când animalul scufundă, permițând organismului să utilizeze oxigenul mai eficient. Nu respirația în apă este esențială pentru supraviețuirea aligatorului. De fapt, această reptilă mare a adaptat clapeta nasului care se închide și împiedică intrarea apei atunci când gatorul se scufundă sub apă.