Cele mai adânci straturi ale Muntelui Fuji au fost formate de câțiva vechi vulcani numiți Komitake și Ko-Fuji. Acești vulcani erau activi până în urmă cu aproape 10.000 de ani. Formele celor doi vulcani subiacenți contribuie la neregularitatea formei prezente a vulcanului. Komitake și Ko-Fuji au devenit inactive atunci când fluxurile de lave mari au început să iasă din vulcanul activ în prezent. Acest vulcan, cunoscut sub numele de New Fuji, a depus o cantitate mare de rocă bazaltică peste vechii vulcani.
Majoritatea erupțiilor au avut loc între 3000 și 4500 de ani în urmă. Ultima erupție a lui Fuji în 1707 a fost cea mai mare din istorie și a avut loc la summitul vulcanului. Mai mult de 100 de vulcani cu conuri mai mici se găsesc pe flancurile muntelui, dar acestea sunt considerabil mai puțin active. În 2000, a fost îngrijorat că vulcanul de pe Muntele Fuji se trezise și ar izbucni din nou, dar nu a apărut încă o erupție secolului 21.
