Pierderea habitatelor în Marea Lacuri este atribuită speciilor invazive, poluării, dezvoltării țărmului, trecerii navelor, dispariției speciilor indigene și retragerilor de apă din bazinele Marilor Lacuri. O mică parte a pierderii habitatelor în Marile Lacuri provine din fenomene naturale, inclusiv dezastre naturale, cum ar fi inundațiile și seceta. Cu toate acestea, majoritatea schimbărilor acestui ecosistem fragil provin din activitatea umană.
În Marea Lacuri, împreună cu alte ecosisteme, introducerea speciilor non-natante reprezintă o amenințare semnificativă. Speciile invazive sunt organisme cum ar fi plantele, bacteriile și animalele care sunt transportate în habitate din alte locații. La introducere, aceste specii pot concura în afara organismelor native pentru resurse limitate, cum ar fi alimente, apă și adăpost. Speciile invazive pot, de asemenea, ucide speciile indigene prin pradă directă sau, în cazul bacteriilor și virușilor, prin boală și boală.
Poluarea este un alt factor al pierderii biodiversității în regiunea Marilor Lacuri. Poluarea are două forme primare: sursa punctului și sursa nonpoint. Poluarea surselor nonpoint apare atunci când apa din topiturile de zăpadă și ploaia transportă poluanți în căi navigabile și în aprovizionarea cu apă subterană. Punctul de poluare provine din surse directe, cum ar fi fabricile și centralele de combustie a cărbunelui. În cele din urmă, trecerea frecventă a navelor și a navelor motorizate în marile Lacuri contribuie cu cantități semnificative de substanțe chimice toxice și poluanți la apele și aerul înconjurător.
